Als de administratieve fase van de inbreukprocedure geen soelaas biedt en de Europese Commissie nog steeds van mening is dat de lidstaat niet nakomt, kan de Europese Commissie het Hof van Justitie verzoeken vast te stellen dat de lidstaat zijn verplichtingen niet is nagekomen. Artikel 260 VWEU bepaalt dat ‘indien de betrokken lidstaat dit advies niet binnen de door de Commissie vastgestelde termijn opvolgt, de Commissie de zaak aanhangig kan maken bij het Hof van Justitie’. Zoals hiervoor al aan de orde gekomen betreft ook deze stap in de procedure een ‘kan’ (discretionaire) bevoegdheid aan de zijde van de Europese Commissie.
Het Hof van Justitie kan vaststellen dat de lidstaat in kwestie inderdaad zijn verplichtingen op grond van het Europese recht niet is nagekomen. De lidstaat is in zo’n geval verplicht gevolg te geven aan dat oordeel en alle maatregelen te treffen die nodig zijn om uitvoering aan het arrest te geven en de inbreuk te beëindigen (260 VWEU). In het geval het Hof van Justitie bijvoorbeeld vaststelt dat een lidstaat bepaalde Europese regelgeving niet goed geïmplementeerd heeft, dient de lidstaat alsnog goed te implementeren (het arrest zal hier meestal handvatten voor bieden).
Artikel 260 lid 2 VWEU biedt de mogelijkheid voor de Europese Commissie een tweede rechtszaak tegen de lidstaat aan te spannen indien de lidstaat naar de mening van de Europese Commissie geen of onvoldoende uitvoering geeft aan het arrest van het Hof in de eerste rechtszaak. Alvorens een dergelijke tweede rechtszaak aanhangig kan worden gemaakt wordt de lidstaat eerst weer in gebreke gesteld door de Commissie, ditmaal vanwege de niet-nakoming van het arrest. De lidstaat wordt wederom in de gelegenheid gesteld zijn opmerkingen te maken, waarna de Europese Commissie weer een met redenen omkleed advies kan uitbrengen waarin is gepreciseerd welke punten van het arrest volgens de Europese Commissie niet worden nagekomen.
Als de zaak hierna voor de Hof van Justitie wordt gebracht en het Hof de Europese Commissie in het gelijk stelt, kan het Hof de lidstaat sancties opleggen. Artikel 260 VWEU spreekt van een boete of een dwangsom. Uit een arrest van het Hof van Justitie in 2005 in een ’tweede zaak’ tegen Frankrijk blijkt echter dat zowel een boete als een dwangsom (dus cumulatief) kunnen worden opgelegd, waarbij het Hof bovendien niet gebonden is aan het verzoek van de Europese Commissie hieromtrent (HvJ EG, 12 juli 2005, C-304/02 (Commissie vs. Frankrijk of Boete en dwangsom, Jur. 2005 p. I-06263). Dit geldt in het geval van onjuiste implementatie of uitvoering van het EU recht door een lidstaat. In het geval van te late implementatie kan het Hof al in eerste procedure een boete en een dwangsom aan een lidstaat opleggen (artikel 260, derde lid VWEU). Zie onderdeel 3.6.1f Snellere en strengere procedure bij te late implementatie.
In ICER-verband zijn een advies en een handleiding over de boete en dwangsom rechtspraak opgesteld die meer informatie bevatten over de ‘tweede zaak’ in inbreukprocedures (‘ICER-advies en Handleiding boete en dwangsom’, ICER 12/04/2006 (voor een beschrijving van het werk van de ICER zie hoofdstuk 2, paragraaf 2.3.2 onder Leidraad voor onderhandelaars en andere producten van de Interdepartementale Commissie Europees Recht).